覺囊派承認“勝義”有，即承認有真常本性，這一點與寧瑪、噶舉、薩迦相同，但寧瑪、噶舉承認是真本性，無相寂滅非空非有，則既不可說空，也不可說有，非斷非常，不斷亦不常之意，更無有自空他空的詞語，但覺派則認為勝義有，說得太實，可能就有問題。他們與格魯應(yīng)成派主張勝義、世俗皆是緣起性空，"畢竟空”成為針鋒相對之教敵。這是空有之爭在藏傳佛教中的繼續(xù)。
寧瑪、噶舉，薩迦承認真常本性其體但有空明，至于本性德能，則屬體的相用(91)之事，相用就是佛的智慧德相，妄用則為三有輪涅，用可隨緣，但體即是一而不動。相用所化雖有，如幻，非實有。覺囊派認為佛的智慧德相屬本具，亦是勝義實有(《他空精義》236頁)，乃至推到密乘的本尊，壇城，印契，種子字等皆屬本具實有，那勝義有成為有形有實物，有定處的了。這點頗引起各派爭議。寧瑪、噶舉均認為除空明外均為幻化，非究竟真實。篤補巴說:"法身功德是本具，非緣生法，是無為”。格魯派不承認如來藏，更不承認什么本具功德，應(yīng)成派認為從色法(92)乃至一切種智(佛)均是假名安立。佛的一切智德均是由培積資糧(93)緣起所生，他們認為本體就是絕對的空，承認勝義有就是涅實有論。覺囊派批判這種空是把一切有為無為皆空，空無所有的頑空，是無遮斷空，世俗空，是真性絕滅論。法身本具一切功德，屬智慧觀照之境，非凡情可以測度。(《他空莊嚴論》149頁)
二諦是一法的兩面，他們的世俗自空論，是把勝義和世俗完全分開，二諦應(yīng)當是同源，寧瑪派認為是真妄是體用元成的關(guān)系，噶舉認為妄念為法身波是俱生的關(guān)系，都是真妄同源論，覺囊派雖說如來藏是萬有依托之根，但是世俗自空，使真妄隔絕了，這就是他們與他宗不同之處。
還有，覺囊派是從唯識發(fā)展起來成為一派自稱為大中觀派。他們和唯識不同之處是唯識承認外境是無，內(nèi)心實有。覺囊認為否認外境可以破小乘微塵無分的實有論，立識有作為萬法所依之根，可以破中觀的一切皆空論。但“識”亦是世俗心，世俗假有無實，是自空，執(zhí)世俗有實屬常見。又說一般中觀立緣起假名，無自性是畢竟空則全無所依之根，執(zhí)勝義空，屬斷見。他們認為世俗空后必有所依之總根，此根則最初法界，本元光明之如來藏為勝義有，此根不可能斷?！笆浪卓湛梢猿Ｒ?，勝義有可以除斷見”故無論中觀唯識皆未能離斷常二邊，本派才是遠離二邊之了義大中觀，作為本派的不共之特點。
《土觀宗派源流》代表應(yīng)成派批判覺囊派“如來藏遍一切情器，恒常堅固”(該書119頁)說這同外道梵聲論(94)的梵我相似。其實覺囊所說如來藏光明覺性，重在證悟自心本性，并非求證外道之神我(95)。如來藏雖為萬法所依托處，但它是無為法，并不安排主宰世間一切萬有，不同于梵神。該書又說覺囊說解脫世俗自空唯余勝義，為神我獨存，類似外道數(shù)論派(96)(該書119頁)。詳細研究起來數(shù)論所說之神我系一種未離業(yè)識之世俗我相，這樣的精神實體，如何能與解脫了的無我的真如本性相比。而且覺囊派說的解脫是“斷去業(yè)煩惱不令新生，舊有者皆令其從速現(xiàn)行，如此三界輪回之苦盡后覺性無垢清凈，此則名為解脫”(《講解甘露》383頁)。似乎與土觀所說神我獨存并不相同。
覺囊派在建立宗見理論上，似有偏頗之處，故引起非議，但他們說勝義有也非全屬理論，而是通過實踐證驗的。宇宙內(nèi)包羅有色心二法(精神和物質(zhì))，二法必有一個最高的依托處，色心萬法，生滅變化無常，此依托處必是真常不變的。說依托處是什么?覺囊派屬心宗，必然認定是心，此心指真心。他們的《時輪》內(nèi)、外、密三世界(97)，都包含在密世界的心中，這心就是清凈的如來藏。因此如來藏成為了萬有的本體了。認為有個本體即等同于梵論的外道，覺囊派對世俗一切法承認是緣起，不承認有什么創(chuàng)世主，如來藏的提法或者與梵論派相似，相似不等于即是。不能就某一部份相似就指為是什么，那么小乘同于勝論(98)，唯識與密宗同于數(shù)論，中觀應(yīng)成派同于遍入天派(99)，中觀自續(xù)派同于自在天派(100)(《他空論》159頁)。
如來藏萬有所依，萬有是緣起所生，沒有主宰者，如來藏不是生萬有，更不是什么精神實體，這樣認為就是外道的“梵論”?
他們說有真常本性勝義有，即指為是外道之梵我，那么內(nèi)地的天臺，華嚴，禪宗均為心宗(101)，共同承認有真常本性，豈不都成了梵我論的外道了么。
藏傳佛教覺囊派的注釋
(1)袞邦：袞邦意為舍棄一切世務(wù)之人，是敬稱。加在本名前。
(2)袞欽：袞欽意為一切智，系佛的尊號，此作對人的敬稱。
(3)六支瑜伽：為《時輪金剛》的圓滿次第六種修法，詳見本文。時輪金剛為密乘無上瑜伽部的本尊之一。
(4)大中觀：這是覺囊派的分法。把中觀派分為一般中觀和大中觀，一般中觀只談世俗勝義皆空的自空論，大中觀談世俗空，勝義有的他空論。
(5)裕摩：地名在后藏烏郁境內(nèi)。
(6)瑜伽行者：修行人。
(7)卓敦：卓西藏阿里的地名，敦意為法師，卓地法師。
(8)要門：要訣竅門，簡短者可譯為口訣，若屬秘密教授可譯要門。
(9)密集：密乘無上瑜伽本尊之一。
(10)烏郁：后藏一地區(qū)名，現(xiàn)為南木林縣一個區(qū)。
(11)空色天身：空色，是無而明現(xiàn)之色相，非一般粗漏色塵而是佛果地之最勝妙色，天身即佛菩薩的身相，空色有時指光明。稱空色光明。
(12)相好莊嚴：佛具有三十二相，八十隨好作為莊嚴。
(13)如來藏：指清凈，光明，妙覺，大樂之心，為佛與眾生本具之心性。詳見本文。
(14)勝義有之他空見：勝義有，指最真實的一種存在，他空見，指其他一切皆空此真實存在則不空，詳見本文。
(15)中觀理聚六論：《中觀》、《回諍論》、《七十空性論》、《六十正理論、》《精研磨論》、《寶曼論》等六論，為龍樹菩薩所作。
(16)三摩地功德：三摩地梵語，入定的意思。
(17)那若六法：為噶舉派那若巴所傳無上瑜伽圓滿次第中之六種修法：拙火、幻身、光明、夢境、遷識和中陰。
(18)瑜伽自在：即對瑜伽法已全部掌握了。
(19)絳莎：地名，在后藏。
(20)風(fēng)息自在：可以打通脈輪，氣心自在促成開悟，且能出現(xiàn)神通。
(21)拉堆絳土酋：拉堆絳即今日西藏日喀則專區(qū)的定日縣，元設(shè)有萬戶，由當?shù)赝燎跞沃?，子孫世裔，成為該地區(qū)之首領(lǐng)。
(22)絳森：譯言菩薩，此作對人之敬稱。
(23)薩迦豪門：薩迦政權(quán)統(tǒng)治全藏時，絳多，云尊二人均曾擔(dān)任萬戶長的大官職務(wù)。
(24)克準：克指博通教理，準指戒行謹嚴，這是對人的一種敬稱。
(25)篤補：西藏阿里的一個地方名。
(26)顯教四大論：中觀、量論、律論和俱舍等四大部。
(27)辯場：匯集僧眾進行經(jīng)論辯論的場所。
(28)命勤：用呼吸強力控制生命氣息的一種密法。
(29)博東：在后藏彭措林至夏格丁之間的熱曲河谷內(nèi)。
(30)班欽：班，班智達，印語，博學(xué)意，欽，欽布為大，即大博學(xué)者，是一種敬稱。
(31)絳巴大元國師：絳，指拉堆絳，元時曾設(shè)萬戶，其族人中可能有受過元朝敕封為國師的封號。
(32)堪欽：堪即堪布，為寺廟的一種職稱名，欽即大，大堪布亦為敬稱。
(33)噶瑪·丹炯旺布：公元十七世紀的后藏曾經(jīng)出現(xiàn)過一個地方政權(quán)，稱為噶瑪政權(quán)。他是這個政權(quán)的頭首，歷史上又稱為藏巴汗。
(34)第巴·仁邦巴：公元十四世紀時西藏地方政權(quán)首領(lǐng)帕木主巴時之寨官，元曾封為行都指揮司，子孫世襲，遂成為當?shù)刂^首，習(xí)稱第巴。
(35)寧瑪派的大圓滿：是本派密法中的最高法名，是明心見性的法門，大圓滿的思想是指自心本性，具有空明二分，宇宙萬法莫不包羅在此空，明之中，無欠無缺，故名大圓滿。
(36)噶舉派大手?。阂彩歉僚e派的無上大法，有離戲大手印和樂空大手印之分。大手印即指自心本性實相，即是空、明，悟了空明見性成佛，故又名空明大手印，或?qū)嵪啻笫钟?。樂空大印是通過方便引生空樂俱生智而現(xiàn)證成佛的法門。
(37)明空本性：本性即本有的覺性，承認此性有明空二分，本來即有，故屬于勝義有類。
(38)應(yīng)成派：印度中觀派中一個支派，承認勝義世俗萬法皆空，唯有名言。不自立宗，唯隨敵所許而指其過，常用“應(yīng)成某過”一詞以破對方，故名應(yīng)成。
(39)三轉(zhuǎn)法輪：此指釋迦牟尼說法四十九年總結(jié)起來大約可分為三個大時期。
(40)了義：對不了義稱為了義。了義即直指究竟而說，不了義即從權(quán)達便而說。
(41)真如法性：性無虛妄曰真，常住不改曰如，此性即眾生之本性，亦即佛性。
(42)勝義有：勝義對世俗言，勝義意為真實義，從究竟真實的角度來看，諸法是有本性的。唯識派所說之勝義有為“識”，覺囊派所說之勝義有為“覺明”之本性。
(43)瑜伽行派：瑜伽，相應(yīng)義，謂若求與理相應(yīng)，則必須通過觀修，故瑜伽派即觀修之派。通常指的是唯識派。此派承認萬法皆為識變，只有內(nèi)識而無外境，執(zhí)識是勝義實有。
(44)自覺智：自心內(nèi)證之智，即覺性，或稱不二智。
(45)唯覺明：承認萬法皆為假有，唯有覺明(覺性)真實。
(46)身智：身指佛的法、報、化三身，或加體性身為四身，智指佛的大園境智，平等性智，妙觀察智，成所作智，法界體性智，五智。
(47)法界：為萬法之界，沒有一法不屬于法界，從法界中出，又還歸法界，無始以來即為諸法依托處?；蚍Q諸法之根，或名法身。
(48)阿賴耶識：唯識所說之第八識，譯名藏識，此識能含藏一切根、身、器、界、種子，習(xí)氣，為染凈諸法之依托處。
(49)有為、無為、：有為，有造作，因緣生法，有生、住、異，滅等相;無為則無造作，非因緣生法，無生、住、異、滅等相。
(50)二執(zhí)，戲論：二執(zhí)即執(zhí)有能取之心和所取之境;戲論，空言，執(zhí)邊執(zhí)相則為戲論，實相本不可言說，說有，說無均為邊執(zhí)，執(zhí)斷、常，有，無，
(51)宗見：宗派的見解和理論。
(52)本具：本來固有。
(53)二取有相之法：二取即二執(zhí)，執(zhí)有心和境，或精神和物質(zhì)的兩種執(zhí)著;有相，指有造作，虛假不實之相。
(54)雍仲：意為堅固，象征永恒不變之實相。
(55)慈氏后四論：《經(jīng)莊嚴論》、《辯法性論》、《辯中邊論》和《寶性論》。
(56)三無性：偏計相無自性，依他生無自性，元成勝義無自性。
(57)真空妙有：空非空無有物，謂之真空，有非自性實有，謂之妙有。
(58)無遮：否定有其存在，即根本否定主題本身是有。
(59)元成：即非由造作而任運成就之事物。
(60)二邊：兩個極端，如真俗，色心，空有，斷常等等。
(61)二諦雙融：即把兩個極端結(jié)合或消融成為一味。
(62)情器：情，指有情，眾生，器，指器世界即山河大地國土房舍。
(63)分位：即暫時處于某個階段。
(64)無智無德：智，指佛的如所有智和盡所有智，德，指佛的十力四無畏等無邊功德。
(65)頑空，斷空：頑空即冥頑如木石，或空無一物之空：斷空即因果之相續(xù)斷滅成空。
(66)續(xù)部：指密乘的經(jīng)典。
(67)決擇：判斷，肯定。
(68)人法二種無我：執(zhí)五蘊四大之假合為我，為人我執(zhí);執(zhí)客觀事物因緣假名為法，為法我執(zhí)。
(69)二空智：即證人法二皆無我之智慧。
(70)風(fēng)脈修法：風(fēng)脈為人身本具，可以修練調(diào)整轉(zhuǎn)染成凈，此為密乘園滿次第之修法。各依本尊不同，方便則有其多種。
(71)空明雙運，樂空雙運：此為密乘最高證境。空明雙運，即空之時即明，樂空雙運，即樂之時即空，空明，樂空同時生起。
(72)赫魯迦：忿怒神總名。
(73)五大：即地、水、火、風(fēng)、空構(gòu)成物質(zhì)世界之五大元。
(74)種子：指佛心間咒字。
(75)印契：指佛菩薩手中所執(zhí)法器，作為即事表理之象征。
(76)勝義三寶：非世俗之三寶，佛如虛空，法為清凈光明，僧為自覺智，皆為自性三寶。
(77)百部天尊：《密集》說佛之五蘊，六處、四大、五境等中有本尊共有百尊。
(78)輪回涅無別見：即現(xiàn)空雙運真俗不二之見。
(79)佛慢：觀自身為天身時不自認是凡夫俗子、而應(yīng)當有敢于承當我即是佛的氣概。
(80)有相瑜伽：指觀修有形相之本尊壇城等，反之，無相瑜伽則收有相成空，觀空性。
(81)整持隨滅：此為園滿次第中之修法。整持即將所觀天身等在光明中清凈，隨滅即收攝歸空。
(82)空色大手?。簽槭鈩僦钕啵蠖嘀副咀痣p身相。
(83)樂空雙運：本性體是空，用是樂，使二者結(jié)合，故名雙運。
(84)燃滴：由臍輪火燃融化菩提，下滴生四喜智。
(85)俱生喜樂智：自然具有之大樂智慧。
(86)實相：此處實相指真如不變隨緣二相實相。
(87)三種遠離：園滿次第中之三遠離，一、身遠離，身想成天身，離凡庸耽著;二、語遠離，金剛誦，攝風(fēng)歸脈;三、意遠離，心緣光明等。
(88)上下門：指口及肛門。
(89)不壞明點：眾生輪回六道，此死彼生，則以此不壞明點負荷業(yè)力去投生轉(zhuǎn)世，業(yè)力凈后，以之成佛，亦是此明點，它永不壞滅，故名不壞明點。
(90)四喜：喜，極喜，殊喜，俱生喜。
(91)相用：真心體，相，用三個方面，體空寂，相，光明，用，化現(xiàn)。佛的德能，噶舉寧瑪不承認是本具，而說是真心的相，用所化。覺囊派承認是佛本具。
(92)從色法：色指客觀物質(zhì)，一切種智指佛，從物質(zhì)到最高精神的佛均是假名安立，無一實有。
(93)二種資糧：智慧資糧和福德資糧，即修慧培福作為趨往佛道中之資具。
(94)梵聲論：古印度哲學(xué)流派之一。認為“梵”是至高無上，遍一切宇宙，萬有皆是梵聲之變易，梵聲之自性。
(95)神我：神我與自性結(jié)合即精神與物質(zhì)結(jié)合構(gòu)成為眾生，神我脫離自性，神我解脫可見神我也只是一種精神實體，未解脫輪回苦之根之業(yè)及煩惱。
(96)數(shù)論派：古印度哲學(xué)流派之一。此派把宇宙萬有概括為二十五諦.說其數(shù)決定，故名為數(shù)論派。
(97)內(nèi)、外、密三世界：外世界即天地日月，內(nèi)世界即風(fēng)脈明點，密世界即自心本性之如來藏。
(98)勝論：古印度哲學(xué)流派之一，用六句來概括宇宙萬有，是多元論。
(99)遍入天派：遍入天為婆羅門教所奉之神祗，說輪回有邊，修觀天咒瓶息則可解脫。
(100)自在天派：自在天為印度婆羅門教所奉之神祗，或稱涂灰外道，修苦行者。
(101)心宗：以心為宗，承認內(nèi)心實有，注重見性悟心的法門皆屬心宗。
參考書目
《了義海論》──《究竟不共教授山法了義海論》篤補巴·喜饒賢贊著。
《他空莊嚴》──《他空中觀莊嚴論》多羅那他著
《他空精義》──《他空見精義》多羅那他著
《中觀決定論》──《大廣勝乘大中觀決定論》多羅那他著
《講解甘露》──《入佛教次第三士教授講解甘露》多羅那他著
《修心講義》──《大乘修心七義講文》多羅那他著
《教法源流史》──《吉祥覺囊派教法源流顯明佛義月燈史》阿旺羅追扎巴著
《青史》桂洛·遜魯巴著
《宗派源流》土觀·洛桑卻季尼瑪著
《知識總匯》公珠·元丹嘉措著
《印度佛教史》(英)涅德爾著
《文選》──《藏文文選──覺囊派》云登桑布著
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